Основу флоры слагают виды, общие с Ираном и Закавказьем, потому здесь в экстремальных условиях локально сохранилось множество реликтов с узким ареалом распространения. Например, возле родников, в трещинах скал можно отыскать древности юрского периода – разнообразные папоротники – тут их встречается шесть видов, а также другие редкостные растения – ластовень низкий, оносму белоплодную. В зарослях арчи растет мягкоплодник критмолистный – реликтовый стелющийся кустарничек, украшенный мясистыми оранжево-красными ягодами, которых часто называют «азиатской клюквой». Есть эндемики – то есть, нигде более не встречающиеся лук Евгения, дорема балханская, акантолимон балханский и Коровина, зайцегуб балханский, зизифора Галины, полынь балханов, астрагал балханский, копеечник балханский. Потому эти растения в своём научном названии несут слово «балханский». Кроме редких, очень много просто любопытных растений. Заметным компонентом среди эфемерово-полынных зарослей стал парнолистник лебедовый, по меловым горкам – туркменский, а на засоленном субстрате – сырдарьинский. Среди пестроцветов по щебнистым склонам отмечают солянку копетдагскую, каперсы Радде, вьюнок кустарниковый. Горная и пустынная растительность образуют странные сочетания. На обширных площадях низкогорья среди полыней можно встретить солянки и чёрный саксаул. Причём саксаул может подниматься и выше – вплоть до скалистых лишённых мелкозёма участков.
